Organizacja powstała w listopadzie 2013 r. w wyniku secesji części członków, pod przywództwem Hammama Muhammada Attii, z ugrupowania Ansar Bajt al-Makdis. Zdaniem założycieli powstanie organizacji było wynikiem masakry mieszkańców Kairu protestujących 14 sierpnia 2013 r. na placach An-Nahda i Rabaa al-Adawija przeciwko wojskowemu zamachowi stanu i obaleniu prezydenta Muhammada Mursiego w dniu 3 lipca 2013 r. Zginęło wówczas od ponad 600 do ponad 800 osób, a kilka tysięcy odniosło rany. Była to największa liczba ofiar od wybuchu rewolucji egipskiej w 2011 r. Organizacja opowiadała się za suwerennością Egiptu i jego narodu. Była przeciwna tworzeniu kalifatu. Posługiwała się językiem rewolucji z 2011 r., uważając, że jej cele nie zostały spełnione. Stanęła w obronie egipskich kobiet, prześladowanych przez władze za udział w antyrządowych protestach i obiecała zemstę matkom tych, którzy zginęli podczas manifestacji. W przeciwieństwie do innych grup dżihadystycznych ma ona pozytywne nastawienie do ludności cywilnej, starając się unikać wśród niej ofiar w wyniku przeprowadzanych zamachów. Celem ataków członków grupy, najczęściej przy użyciu ładunków wybuchowych, byli funkcjonariusze sił bezpieczeństwa. Pierwszy zamach organizacja przeprowadziła 20 listopada 2013 r., kolejne 25 listopada i 7 stycznia 2014 r. Ich celem była ocena reakcji władz Egiptu na stosowaną przemoc. Zamachy te, polegające na podkładaniu prowizorycznych ładunków wybuchowych, wywołały niewielkie medialne zainteresowanie ze strony środowisk dżihadystycznych. W oświadczeniu opublikowanym 23 stycznia 2014 r. grupa zadeklarowała początek kampanii wymierzonej „w zbrodnicze elementy obecnego reżimu w Egipcie”. Następnego dnia 2014 r. zabitych zostało dwóch policjantów. Początkowo do tego zamachu przyznała się grupa Ansar Bajt al-Makdis, ale później wycofała się z tego stwierdzenia, przyznając, że był on przeprowadzony przez organizację Adżnad Misr, która to potwierdziła. Na początku kwietnia 2014 r. miała miejsce seria zamachów terrorystycznych. Eksplodowały trzy ładunki wybuchowe, podłożone w Uniwersytecie Kairskim. Zginął policjant, a 5 osób zostało rannych. Kolejna bomba, umieszczona w pobliżu uczelni została rozbrojona, a dwie kolejne znaleziono w pomieszczeniach Wydziału Handlu. Następnie eksplodowały dwie bomby umieszczone na drzewach w pobliżu posterunku policji w Gizie. Zabitych zostało 8 osób, w tym gen. bryg. Tarik al-Mergawi. Rannych było ponad 90 osób, w tym zastępca szefa sił bezpieczeństwa w Gizie – Abdel Rauf al-Sir. Rektor uniwersytetu stwierdził po ataku, że nie przewiduje opóźnienia w rozpoczęciu semestru i wyraził poparcie dla ustawy antyterrorystycznej, zapowiadając twardy kurs wobec studentów. Jednocześnie rzecznik organizacji Studenci Przeciwko Zamachowi Stanu – Ahmed Ghonim oskarżył władze uczelni o zorganizowanie tego zamachu, aby zrzucić winę na ruch studencki. W drugim oświadczeniu potępił on zamachy, uznając jednak winę władz Uniwersytetu Kairskiego. W dniu 23 kwietnia 2014 r. zabity został gen. bryg. Ahmed Zaki, oskarżany o aresztowania i tortury przeprowadzane na studentach. W maju 2014 r. władze poinformowały o zatrzymaniach członków grupy, którą w tym samym miesiącu uznały za organizację terrorystyczną. W listopadzie uczyniła to Wielka Brytania, a w następnym miesiącu Stany Zjednoczone.

Wzrost aktywności organizacji został dostrzeżony przez media dżihadystyczne, przede wszystkim Ibn Tajmijja Media Center i Al-Battar Media Foundation, które promowały jej materiały propagandowe. Adżnad Misr stała się najbardziej aktywną egipską grupą działającą poza obszarem Synaju. Swoje działania ograniczała jedynie do stolicy. W rocznicę masowych protestów z sierpnia 2013 r. organizacja przeprowadziła serię wybuchów przed pałacem Ittihadija w kairskiej dzielnicy Heliopolis. Zginął m.in. ekspert od materiałów wybuchowych, który próbował rozbroić bombę. Inny ładunek wybuchł godzinę później, raniąc policjanta. Trzecia eksplozja zabiła drugiego eksperta od materiałów wybuchowych, który próbował je rozbroić. Adżnad Misr przyznał się do tych zamachów za pośrednictwem mediów społecznościowych, stwierdzając później, że rozbroił niektóre urządzenia, aby zminimalizować liczbę ofiar wśród ludności cywilnej. W kwietniu 2015 r., w wyniku akcji przeprowadzonej przez policję, zginął w swojej kryjówce w Gizie przywódca grupy –  Hammam Attia. Organizacja przyznała się w sumie do przeprowadzenia ponad 20 zamachów. W 2017 r. sąd skazał 13 członków Adżnad Misr na karę śmierci. W maju 2019 r. wyroki te potwierdził Sąd Kasacyjny, który skazał 17 kolejnych osób na dożywocie, 2 na karę 15 lat surowego więzienia, a 7 innych na 5 lat pozbawienia wolności. Zostali oni oskarżeni o próbę zabicia 100 policjantów, montaż urządzeń wybuchowych oraz atakowanie i zabicie funkcjonariuszy policji w 26 atakach na obiekty policyjne i punkty kontrolne, co spowodowało również zniszczenie mienia publicznego i prywatnego.