Ogólna sytuacja zarówno społeczno-polityczna, gospodarcza, jak i kulturowa w Algierii tuż po uzyskaniu przez nią pełnej niepodległości w 1962 roku, zdecydowanie sprzyjała tworzeniu się fundamentalistycznych partii politycznych oraz ruchów, które w niedługim czasie zaczęły być znane z podejmowania stricte ekstremistycznych działań. Czynniki, które odegrały znaczącą rolę w tej kwestii związane były między innymi z gwałtowną urbanizacją oraz niezwykle wysokim wskaźnikiem bezrobocia, nawet na tle innych państw w regionie. Według badań przeprowadzonych w Algierii, w 1985 roku ponad 70% obywateli nie mogących znaleźć zatrudnienia w tym kraju stanowiły osoby w wieku poniżej dwudziestu pięciu lat, z kolei młodzież w kraju stanowiła ponad 65% populacji. W tym samym czasie z pewnością istotną rolę odegrał też system „arabizacji” kraju, wprowadzony przez prezydenta Huari Bumediena, polegający między innymi na masowym zatrudnianiu nauczycieli z Syrii i Egiptu, mających za zadanie upowszechnianie nauczania języka arabskiego, jako języka ojczystego, podczas gdy wielu Algierczyków na co dzień posługiwało się językiem francuskim uznawanym przez nowe władze za symbol kolonializmu. Jednocześnie projekt konstytucji z 1976 wywołał w Algierii ogromne wzburzenie, założono w nim bowiem, iż islam nie będzie uznawany za oficjalną religię państwową, a wszyscy obywatele bez względu na wyznanie będą traktowani na równych zasadach. Ten sam dokument zakładał także rozszerzenie praw kobiet, które od tej pory miały uzyskać możliwość zawarcia związku małżeńskiego z niemuzułmanami. W odpowiedzi na tego typu decyzje polityczne, islamiści zażądali wprowadzenie szariatu, który miałby od tej pory regulować wszystkie zasady funkcjonowania w państwie. Wpływ na rozwój ideologii ekstremistycznych w Algierii miały także inne kroki podejmowane w latach siedemdziesiątych przez elitę rządzącą. Kraj przyjął bowiem system jednopartyjny i jednocześnie uniemożliwił młodemu pokoleniu wpływanie na jakiekolwiek aktywności polityczne. Prezydent Bumedien zakazał też działalności wszystkim organizacjom powstałym po uzyskaniu niepodległości i skupił się na rozwoju elity wojskowej. Tego typu działania zostały jeszcze zaostrzone w czasie rządów prezydenta Szadliego Bendżedida (od 1979 r.), co doprowadziło do powstania islamskich grup fundamentalistycznych. W latach osiemdziesiątych gwałtowny spadek cen ropy naftowej, wzrost populacji i korupcja negatywnie wpłynęły na sytuację ekonomiczną w kraju. W 1988 roku na ulicach Algieru doszło do gwałtownych zamieszek, a protestujący domagali się zerwania z systemem jednopartyjnym (faktyczną i niepodzielną władzę w kraju sprawowała od uzyskania niepodległości partia Front Wyzwolenia Narodowego (Al.-Dżabhat at-Tahrir al-Watani, Front de Libération National – FLN), rozszerzenia swobód demokratycznych oraz obniżek cen podstawowych produktów spożywczych. W wyniku demonstracji rząd zdecydował się na opracowanie nowych reform, zakładających między innymi ograniczenie niepodzielności władzy polityków FLN. W wyniku procesu arabizacji kraju, do Algierii licznie ściągali Egipcjanie, często sympatycy Braci Muzułmanów, co doprowadziło do powstania w państwie kilku organizacji czerpiących z ideologii Bractwa. Pierwszym tego typu ruchem było Al-Irszad wa al-Islah (Kierownictwo i Reforma), założone przez szejka Mahfuda Nahnana w celu uzyskania poparcia społecznego. Później, na podobnych zasadach, powstała An-Nahda (Odrodzenie). Tego typu organizacje religijno-polityczne koncentrowały się na promowaniu islamu jako alternatywy dla marksizmu. W Algierii nieustannie obserwowano także w owym czasie wzrost popularności salafizmu, obok obecnego od wieków sufizmu. Wówczas, w odpowiedzi na powszechne niezadowolenie społeczne, prezydent kraju zdecydował się na przeprowadzenie pierwszych demokratycznych wyborów.

Posunięcie to okazało się być jednak wielką klęską, bowiem według wyników głosowania w pierwszej turze wyborów w grudniu w 1991 r. władzę w państwie miał objąć utworzony w 1989 r. Islamski Front Ocalenia (Al-Dżabhat al-Islamijja lil Inkaz, Front Islamique du Salut – FIS), który był powszechnie znany z głoszenia typowo fundamentalistycznej ideologii. Armia natychmiast wyraziła swoje niezadowolenie z potencjalnie nowej sytuacji politycznej w Algierii, co doprowadziło do masowych aresztowań wśród islamistów oraz unieważnienia pierwszej tury wyborów i niedopuszczenia do drugiej, wyznaczonej na dzień 16 stycznia 1992 r. Miały one być przeprowadzone w obwodach, gdzie żaden z kandydatów nie uzyskał większości. Gwałtowny przebieg wydarzeń doprowadził do wybuchu krwawej wojny domowej pomiędzy siłami rządowymi i islamistyczną opozycją, która toczyła się w kraju aż do końca lat dziewięćdziesiątych. Najważniejszą stroną konfliktu był FIS, na którego czele stali Abbasi Madani i Ali Belhadż. Podczas gdy Madani głosił poglądy skoncentrowane bardziej na polityce i rozwoju kraju, Belhadż znany był ze swych radykalnych poglądów. Na ich rozwój wpływ mieli na pewno salaficcy uczeni, od których pobierał nauki jeszcze w wieku młodzieńczym. FIS była jedną z pierwszych grup w Algierii, która sprzeciwiła się kontrolowanemu przez wojsko rządowi. Oprócz tego, iż jej członkowie wzywali do uregulowania wszystkich spraw wewnętrznych kraju na zasadach zgodnych z naukami Koranu, opowiadali się oni również za sprawiedliwością społeczną oraz rozwojem pomocy socjalnej. W meczetach ruch fundamentalistyczny zapewniał także naukę Koranu oraz spotkania wiernych. Z FIS identyfikowały się jednak inne frakcje przynależne do tej organizacji, a kroki podejmowane przez ich członków były często wiązane z ekstremizmem. Zajmowali się oni między innymi zamykaniem barów, postulowali też nakaz noszenia przez kobiety zasłony zakrywającej twarz.

Po unieważnieniu wyborów, w których zwycięstwo odnieśli politycy FIS, w Algierii powstało kilka skrajnych grup walczących, natomiast zbrojnym ramieniem FIS była Islamska Armia Ocalenia (Al-Dżajsz al-Islamijja lil Inkaz, Armée Islamique du Salut – AIS). Przyciągały one dawnych islamistycznych działaczy, którzy niejednokrotnie byli więzieni i torturowani przez władze. Na początku islamscy rebelianci kierowali swoje ataki głównie w bazy wojskowe, atakowali posterunki policji oraz osoby jawnie sprzeciwiające się ich działalności. Potem zabijali wszystkich, których uznali za wrogów. W odpowiedzi na zamachy rząd bez procesów sądowych osadził w więzieniach tysiące sympatyków islamskich organizacji, nawet jeśli nie byli oni bezpośrednio zaangażowani w przygotowania lub przeprowadzenie ataków. Walki między islamistami i wojskiem trwały niemal dziesięć lat. W tym czasie przedstawiciele fundamentalistycznych ugrupowań dążyli do zastraszenia ludności cywilnej, niepodzielającej ich wizji przyszłej Algierii zdominowanej przez islamistów. Szczególnie trudny w historii wojny domowej w kraju był okres między 1995 i 1996 rokiem, kiedy ekstremiści dopuścili się licznych zbrodni na każdym, kto nie podzielał ich poglądów, łącznie z umiarkowanymi muzułmanami. W latach dziewięćdziesiątych popularność w Algierii zyskała Zbrojna Grupa Islamska (Al-Dżama’a al-Islamijja al-Musallaha, Groupe Islamique Armée – GIA), która przeszła do historii, jako jeden z dwóch, obok FIS, najważniejszych ruchów zwalczających rząd. Organizacja powstała w październiku 1992 r. Za jej założycieli uznaje się Abdelhaka Lajadę i Abdelkrima Gharzuli, zięcia Osamy bin Ladena. Jednak już od momentu powstania GIA była ona podzielona na wiele różnych frakcji i komórek o odmiennych poglądach, co doprowadziło do starć wewnętrznych, które w rezultacie doprowadziły do osłabienia ugrupowania. Bojownicy GIA znani byli w całym regionie z niespotykanej dotąd brutalności i okrucieństwa. Powszechnie stosowaną przez nich praktyką było mordowanie kobiet i dzieci poprzez podrzynanie gardeł. Pomimo ostatecznego rozpadu GIA, islamistyczny terror i działalność partyzancka w dalszym ciągu stanowiły poważne zagrożenie dla Algierii. Za najbardziej zagrożony region uważany był wschód kraju.

W grudniu 1998 r. w pogrążonym w kryzysie państwie do głosu doszła, oderwana od GIA, frakcja zwana Salaficką Grupą Krzewienia Wiary i Walki (Al-Dżama’a as-Salafijja li ad-Dawa wa al-Kital, Groupe Salafite pour la Prédication et le Combat – GSPC), kierująca swoje ataki głównie na członków sił bezpieczeństwa. Jej celem było obalenie ówczesnego rządu oraz ustanowienie nowego, opartego na prawie islamskim. W 2003 r. GSPC zawarła sojusz z Al-Kaidą, która wywierała istotny wpływ na jej funkcjonowanie. Mimo tego, iż wojna domowa w Algierii oficjalnie zakończyła się niespełna 20 lat temu, jeszcze we wrześniu 2006 roku jeden z czołowych przywódców Al-Kaidy – Ajman az-Zawahri ogłosił, iż grupa będzie jedną z walczących ramię w ramię z ugrupowaniem Osamy bin Ladena przeciwko Francji i Ameryce. W dniu 24 stycznia 2007 r. GSPC zmieniła nazwę na Organizacja Al-Kaidy w Krajach Islamskiego Maghrebu (Tanzim al-Kaida bi Bilad al-Maghrib al-Islami), która działa do dziś.