W latach 20. XX wieku w Egipcie doszło do wyraźnej radykalizacji nastrojów społecznych, głównie wśród młodzieży, która nie zaznała innego życia, aniżeli to pod kuratelą Wielkiej Brytanii. Egipcjanie pozbawieni możliwości decydowania o losach swojego kraju postanowili w końcu ostatecznie pozbawić Europejczyków wpływów w swoim kraju. Na początku organizacje młodzieżowe głoszące antyimperialistyczne hasła identyfikowały się przede wszystkim z Wafdem (Delegacja), będącym najpopularniejszą wówczas partią o nacjonalistycznym profilu (działała w latach 1919-1952).

W 1928 roku w położonej na północy kraju Ismailii doszło do wydarzenia, które niezwykle istotnie wpłynęło na cały przebieg historii współczesnego Egiptu. Miejscowy nauczyciel języka arabskiego Hasan al-Banna postanowił bowiem założyć grupę o nazwie Bracia Muzułmanie (Al-Ichwan al-Muslimin), która już kilkanaście lat później stała się jednym z najważniejszych elementów egipskiej sceny politycznej, co pozostaje niezmienne aż do dziś. Organizacja powstała na kanwie panislamizmu, głoszącego solidarność i połączenie wszystkich muzułmanów niezależnie od ich narodowości. Do jej głównych celów należała walka z imperializmem, likwidacja zachodnich wpływów na muzułmańską kulturę, a przede wszystkim całkowite ograniczenie wpływów angielskich w Egipcie. Motto przewodnie Braci Muzułmanów stanowi natomiast następujące hasło: “Bóg jest naszym celem. Prorok jest naszym Przywódcą. Koran jest naszą Konstytucją. Śmierć z woli Boga jest dla nas największym pragnieniem. Bóg jest wielki”. Słowa te nie pozostawiają wątpliwości, iż Bracia stworzyli grupę o typowo radykalnych i fundamentalistycznych poglądach. Cztery lata po utworzeniu organizacji jej członkowie rozszerzyli swe wpływy w całym Egipcie. Pod koniec lat 30. na terenie całego kraju działało już ponad 300 różnych ugrupowań deklarujących swą przynależność do formacji założonej przez Al-Bannę. W początkowej fazie członkowie organizacji stronili od stosowania przemocy, z biegiem czasu Bracia doszli jednak do wniosku, iż aby osiągnąć wyznaczone cele, przede wszystkim te związane ze stałą obecnością Brytyjczyków w Egipcie, należy zmienić przyjętą taktykę. Najlepiej świadczą o tym działania  prowadzone na początku lat 50. w obrębie Kanału Sueskiego. To właśnie na tym obszarze Anglicy wciąż zachowywali swe wpływy, pozbawiając tym samym Egipt ogromnych wpływów do Skarbu Państwa, jakie rocznie generował Kanał. Ze względu na to, Bracia Muzułmanie pod przywództwem Ismaila al-Hudajbiego, który objął schedę po zmarłym Hasanie al-Bannie w 1949 r., zaczęli organizować regularne ataki i protesty na wspomnianym obszarze Egiptu. Do najważniejszego wydarzenia doszło 1 stycznia 1952 roku, kiedy to Bracia zaatakowali brytyjski garnizon wojskowy stacjonujący w strefie Suezu. Anglicy natychmiast przystąpili do akcji odwetowej, co z kolei spowodowało krwawe starcia na ulicach kraju, w wyniku których śmierć poniosło 64 obywateli Egiptu oraz kilkunastu Europejczyków. Kolejne lata w historii działania ugrupowania nie należały do łatwych. Jej członkowie natomiast ulegali coraz silniejszej radykalizacji.

W czasach rządów Nasera, po nieudanej próbie zamachu na prezydenta w 1954 r., niemal 1000 członków Braci Muzułmanów (wśród nich Al-Hudajbi) zostało wtrąconych do więzienia. W tym samym czasie rozgłos w całym państwie zdobyła postać Sajjida Kutba, jak się później okazało, jednego z najsłynniejszych ideologów w całej historii działania organizacji. Odkąd wstąpił on w szeregi ugrupowania głosił rychły upadek cywilizacji Zachodu oraz całkowite zwycięstwo islamu, który miałby stanowić podstawę do sprawowania władzy nad całym światem. Jego największym pragnieniem było stworzenie państwa opartego na zasadach zawartych w Koranie. Wraz z rozpoczęciem aresztowań Braci, tuż po próbie zamachu na Nasera, Sajjid Kutb został skazany na 25 lat przymusowych robót, zamienionych na więzienie. W czasie odsiadywania wyroku napisał 30-tomowe dzieło „Fi zilal al-Kuran al-karim” („W cieniu szlachetnego Koranu”) oraz broszurę zatytułowaną: „Maalim fi at-tarik” („Drogowskazy”), na łamach której opisał jedyną właściwą według niego formę sprawowania władzy – władzę Boga na Ziemi. Równocześnie nie krył swej nienawiści do reżimu Nasera, za co został skazany na śmierć. Po dziś dzień Sajjid Kutb jest uznawany za prekursora egipskiej myśli fundamentalistycznej. Lata 70. i rządy prezydenta Anwara as- Sadata były dla członków Bractwa zdecydowanie mniej uciążliwe, aniżeli czasy rządów Nasera. Nowy prezydent, doceniając siłę, wpływy oraz poparcie, jakim cieszyło się Bractwo, postanowił wprowadzić szariat, jako oficjalny element egipskiego prawodawstwa. Bardzo zależało mu bowiem na nawiązaniu dobrych stosunków z członkami ugrupowania. Sytuacja znacznie pogorszyła się jednak po 1979 roku, gdy Anwar as-Sadat zawarł pokój z Izraelem. Dla Bractwa Muzułmańskiego oznaczało to prawdziwy cios wymierzony w wartości islamu oraz wszystkich Arabów, wśród których zdecydowana większość całkowicie negowała prawo Izraela do samostanowienia. Dając upust swemu oburzeniu, w dniu 6 października 1981 roku członkowie organizacji Egipski Dżihad, na czele z por. Khalidem Islambulim, dokonali zamachu na prezydenta podczas defilady wojskowej. Podczas prezydentury następcy As-Sadata – Hosniego Mubaraka, organizacja zaczęła stanowić główną siłę opozycyjną w Egipcie. Jednak w ramach walki z terroryzmem, na której Mubarak skupiał się już od pierwszych dni swej prezydentury, Bracia byli zmuszeni zejść do podziemia. Nie przeszkodziło im to jednak w pracy nad dalszym rozwojem organizacji. Fundamentaliści na szeroką skalę rozwinęli sieć pomocy dla najuboższych oraz szeroko pojętą działalność dobroczynną, czym zaskarbili sobie rzesze zwolenników, przede wszystkim wśród członków najbiedniejszych warstw społecznych, których w Egipcie było przecież ponad miarę. Jednocześnie Mubarak robił wszystko, aby nie podzielić losów swojego poprzednika, dlatego coraz ostrzej traktował działalność Braci, co nie przeszkodziło im jednak w zdobyciu 1/5 miejsc w parlamencie w 2005 roku.

Największy sukces Bracia odnieśli jednak po rewolucji z 2011 r., kiedy tłumy Egipcjan obaliły Hosniego Mubaraka, sprawującego prezydenturę nieprzerwanie przez 30 lat. To właśnie wtedy członkowie ugrupowania doszli do władzy w kraju, wygrywając pierwsze demokratyczne wybory w Egipcie i tym samym pokazali, jak wielkim poparciem cieszą się wśród obywateli. Jednak już po niespełna dwóch latach nieudolnego rządzenia państwem doszło do kolejnego przewrotu. Egipcjanie zawiedzeni próbami islamizacji kraju, nowymi ograniczeniami oraz wciąż podupadającą gospodarką w końcu czerwca 2013 r. przystąpili do masowych manifestacji przeciwko Muhammadowi Mursiemu, sprawującemu funkcję prezydenta od końca czerwca 2012 r. Sytuację tę wykorzystały egipskie siły zbrojne, które 3 lipca 2013 r. obaliły Mursiego. Zastąpił go gen. Abdel Fatah as-Sisi. Tym samym Bracia Muzułmanie nie tylko stracili władzę w kraju, lecz poddano ich licznym represjom, a ich organizacja została oficjalnie uznana za terrorystyczną.