Na przełomie 1995 i 1996 r. niedobitki Interahamwe i rwandyjskich sił zbrojnych, rekrutujący się spośród członków plemienia Hutu, utworzyły Armée de libération du rwanda – ALR pod przywództwem Paula Rwarakabidje. Działała ona we wschodniej części Zairu, a potem Demokratycznej Republiki Kongo. Jej celem było obalenie Paula Kagame, który doszedł do władzy w Rwandzie. Był on naczelnym dowódcą Armée patriotique rwandaise (Patriotycznej Armii Rwandy), która wkroczyła z Ugandy w obronie ludu Tutsi, będącego ofiarą eksterminacji prowadzonej od kwietnia 1994 r. przez bojówki Hutu, a przede wszystkim jej milicję Interahamwe. W obliczu zagrożenia ze strony Hutu, którzy znaleźli schronienie Zairze, z inicjatywy Rwandy i Ugandy, utworzono Alliance des forces démocratiques pour la libération du Congo – AFDLC (Sojusz Sił Demokratycznych na rzecz Wyzwolenia Kongo). Siły te stanowiły również zbrojną opozycję wobec władzy prezydenta Zairu Mobutu Sese Seko.

W październiku 1996 r. AFDLC rozpoczął ofensywę we wschodnim Zairze, niszcząc obozy uchodźców Hutu, którzy uciekli z Rwandy w obawie przed odwetem Tutsi. W związku z tym część uchodźców wróciła do Rwandy, natomiast pozostali (ok. 300 tys.) schronili się w głębokich leśnych ostępach Zairu. Ścigając ich oddziały AFDLC dokonały licznych zbrodni, a w maju 1997 r. dotarły do stolicy kraju, Kinszasy, obalając dotychczasowe władze Zairu. Nowym prezydentem został Laurent Désiré Kabila. Zair zmienił nazwę na Demokratyczna Republika Kongo. Bojówki ALR rozproszyły się, znajdując schronienie w innych krajach regionu: Republice Środkowoafrykańskiej, Czadzie, Sudanie, Angoli, Zambii i Tanzanii. Pod koniec 1997 r. ALR zreorganizowała swoje siły, a dysponując prawie 20 tys. ludzi przystąpiła do działań we wschodniej części Kongo, szczególnie w leśnych masywach Walikale i Masisi oraz w Parku Narodowym Virunga. ALR rozpoczęła również ofensywę w północnej części Rwandy, która miała doprowadzić do odzyskania przez Hutu władzy w Kigali. Operacji tej towarzyszyły liczne gwałty, mordy i masakry ludności cywilnej. Polityczne skrzydło ALR – Parti pour la libération du Rwanda (Partia Wyzwolenia Rwandy) uzasadniało tę przemoc koniecznością obalenia prezydenta Paula Kagame i władzy Tutsi.

W pierwszej połowie 1998 r. siły AFDLC zintensyfikował działania przeciwko ALR we wschodnim Kongo, jednak ludność Mayi-Mayi, która rok wcześniej popierała działania AFDLC, teraz odmówiła udziału w operacji przeciwko bojówkom Hutu, będąc przekonana, że ofensywa ta ma na celu podbój wschodniego Kongo przez Rwandę. W lipcu 1998 r. prezydent Kabila zażądał opuszczenia Kongo przez żołnierzy Rwandy i Ugandy, którzy utworzyli nowy ruch rebeliancki – Rassemblement congolais pour la démocratie – RCD (Kongijskie Zgromadzenie na rzecz Demokracji). Sądził przy tym, że będzie w stanie utrzymać się przy władzy bez wsparcia wojsk obu tych państw. Oparł się za to na pomocy Angoli, Namibii i Zimbabwe. Zmiana „sojuszników” była przyczyną wybuchu kolejnej wojny w Kongo, która trwała od 1998 do 2003 r. W tym czasie prezydent Kabila ustanowił sojusz z ALR, która walczyła przeciwko RCD i innym kongijskim rebeliantom. Broń i amunicję ALR dostarczały siły wierne władzom w Kinszasie. Armia Hutu liczyła wówczas ok. 12 tys. mężczyzn i podzielona była na dwa zgrupowania, składające się z trzech brygad  rozlokowanych w prowincjach Kiwu Północne i Kiwu Południowe we wschodnim Kongo. Zwalczały one przeciwników Laurenta Kabili.

W marcu 1999 r. bojownicy ALR porwali międzynarodową grupę turystów, która w Parku Narodowym Bwindi, w południowej Ugandzie, obserwowała goryle górskie. Dziewięć  osób, w tym 4 Brytyjczyków, 2 Amerykanów, 2 Nowozelandczyków oraz ugandyjski strażnik zostało zabitych, natomiast sześciu innym osobom udało się uciec. Przywódcy ALR stwierdzili, że śmierć turystów była odwetem za wspieranie przez Wielką Brytanię i USA rwandyjskiego prezydenta Paula Kagame.

W sierpniu 1999 r., na skutek międzynarodowych nacisków, podpisane zostało zawieszenie broni, które było wielokrotnie naruszane. Po śmierci Laurenta Kabili, w styczniu 2001 r. i przejęciu władzy w Kongo przez jego syna Josepha Kabilę, ALR umocniła swoją pozycję w Kinszasie, wchodząc w skład Forces démocratiques pour la libération du Rwanda – FDLR (Demokratycznych Sił Wyzwolenia Rwandy). Na czele FDLR stanął Ignace Murwanashyaka. W lipcu 2002 r. siły Hutu, liczące wówczas ok. 15 tys. ludzi, opanowały prowincję Kiwu Północne, a w listopadzie 2003 r. zajęły miasto Bukavu – stolicę prowincji Kiwu Południowe i zaatakowały Tutsi w Kongo i Rwandzie, co przyczyniło się do wzrostu napięcia w rejonie Wielkich Jezior oraz ucieczki tysięcy ludności cywilnej. W obliczu nieustannych ataków rebeliantów w 2005 r. podjęto rozmowy w Rzymie z przedstawicielami FDLR. Uzgodniono, że bojówki Hutu złożą broń i wrócą do Rwandy, gdzie będą działać jako partia polityczna. Rząd Rwandy ogłosił natomiast, że członkowie FDLR staną przed sądami Gacaca[1]. W dniu 4 października 2005 r. Rada Bezpieczeństwa ONZ wydała oświadczenie domagające się rozbrojenia FDLR i opuszczenia przez nie terytorium Demokratycznej Republiki Kongo. Przywódca ugrupowania Ignace Murwanashyaka został umieszczony na czarnej liście ONZ, w wyniku czego nie mógł podróżować, a jego aktywa zostały zamrożone.

Murwanashyaka, posiadając status uchodźcy i niemiecki paszport, mieszkał w Niemczech. W kwietniu 2006 r. został aresztowany w Mannheim wskutek złamania zakazu podróżowania. Tym samym utracił status uchodźcy, jednak jeszcze w tym samym miesiącu został zwolniony z więzienia. Ponownie trafił do aresztu w Niemczech w listopadzie 2009 r. Przywództwo w FDLR objął wówczas Sylvestre Mudacumura.

W październiku 2007 r. International Crisis Group – ICG (Międzynarodowa Grupa Kryzysowa) ogłosiła, iż liczebność rebeliantów Hutu spadła z 15 tys. w 2001 r. do ok. 6-7 tys. Byli oni zorganizowani w cztery bataliony i brygady rezerwowe w Kiwu Północnym oraz cztery bataliony w Kiwu Południowym. Ich działania były oficjalnym powodem wszczęcia przez zbuntowanego generała armii rządowej Kongo, Laurenta Nkundę, stojącego na czele Congrès national pour la defense du peuple – CNDP (Narodowego Kongresu na rzecz Obrony Ludu), własnej rebelii w Kiwu Północnym. Jej celem była obrona rodaków z plemienia Banyamulenge (odłam Tutsi mieszkający w Kongo) przed prześladowaniami Hutu z FDLR. W dniu 20 stycznia 2009 r. wojska Rwandy dokonały inwazji we wschodniej części Kongo w celu likwidacji bojówek Hutu. Interwencja obcych wojsk odbyła się za zgodą władz w Kinszasie. Miesiąc później siły rwandyjskie opuściły terytorium Kongo, jednak główny cel ich misji – zniszczenie baz Hutu – nie został osiągnięty. Władze w Kigali postanowiły zatem wzmocnić granice Rwandy, aby zapobiec przedostawaniu się bojówek Hutu na terytorium kraju. Wspierały również Laurenta Nkundę, kontynuującego walkę z Hutu, którzy prześladowali miejscową ludność cywilną.

Zastępcą Nkundy był Bosco Ntaganda alias „Terminator”. Rebelia zakończyła się w 2009 r. ugodą między Kongiem i Rwandą. Nkunda zgodził się zostać osadzony w areszcie domowym w Rwandzie, a jego żołnierze zostali włączeni do kongijskiego wojska. „Terminator” awansowany na generała, zarządzał krainą Kiwu dorabiając się majątku na przemycie. Zapewniał Kabili spokój na wschodzie kraju, prezydent Konga natomiast zapewniał mu bezpieczeństwo przed listami gończymi Międzynarodowego Trybunału Karnego. Rządząc w Kiwu, Ntaganda opłacał się też dowódcom rwandyjskiego wojska, gwarantując im zyski z przemytu cennych surowców, głównie koltanitu, złota i diamentów. Kruchą równowagę zburzyły wybory prezydenckie w listopadzie 2011 r., wygrane przez Kabilę. Oskarżany o sfałszowanie elekcji, postanowił pomniejszyć niechęć Zachodu, wydając Ntagandę, by został osądzony przed Międzynarodowym Trybunałem Karnym. Za „Terminatorem” wysłany został list gończy. W odpowiedzi z armii kongijskiej zdezerterowało kilkuset Tutsi pod dowództwem płk Sultaniego Makengi. Założyli oni partyzantkę pod nazwą Ruchu 23 Marca (od daty dezercji). Po początkowych sukcesach rebelianci zostali zepchnięci przez wojska rządowe na wzgórza w parku narodowym Virunga, przy granicy z Ugandą i Rwandą, gdzie ściągnięto znaczne siły w celu całkowitego stłumienia rebelii.

W październiku 2012 r. Ruch 23 Marca przyjął nazwę Kongijskiej Armii Rewolucyjnej, która w listopadzie przystąpiła do ofensywy we wschodnim Kongu, zajmując Gomę, stolicę prowincji Kiwu Północne. Miasta, strzeżonego przez wojska pokojowe ONZ, nikt nie bronił. Rebelianci wycofali się z miasta, ale Kongijczycy uznali żołnierzy ONZ za niegodnych zaufania. Dążąc do poprawy skuteczności działania ONZ postanowiła, że do 17 tys. żołnierzy wojsk rozjemczych, mogących użyć broni tylko w samoobronie, dołączy 3-tysięczna brygada, mająca prawo podejmować operacje zbrojne, by przymuszać do pokoju. Rzecznik rebeliantów zapowiedział „marsz na Kinszasę”. Sukcesy buntowników były skutkiem słabości armii rządowej i władzy, która nie kontrolowała odległych prowincji.

W końcu lutego 2013 r. wybuchły walki między skłóconymi frakcjami Ruchu 23 Marca. Przyczyną konfrontacji był przewrót gen. Sultaniego Makengi, który obalił politycznego przywódcę Ruchu, biskupa Jeana-Marię Runigę Lugerero. Makenga oskarżył go o złodziejstwo i wysługiwanie się komendantowi „Terminatorowi”. Do rozłamu wśród rebeliantów doszło kilka dni po uroczystym podpisaniu w Addis Abebie traktatu pokojowego, w którym państwa z regionu Wielkich Jezior zobowiązały się nie wspierać więcej żadnej z grup kongijskiej rebelii i nie ingerować w sprawy tego państwa. Frakcja gen. Makengi opowiedziała się za tym, aby przy pośrednictwie Ugandy porozumieć się z Kinszasą. Bosco Ntaganda „Terminator” i biskup Lugerero uznali, że lepiej dla nich będzie ponownie zdobyć Gomę. Spór przekształcił się w otwarte walki, które zwaśnione strony toczyły wokół miasta. W marcu „Terminator”, poszukiwany przez Międzynarodowy Trybunał Karny za zbrodnie przeciwko ludzkości, masowe gwałty i wcielanie do armii dzieci-żołnierzy, przybył do ambasady USA w Kigali, aby oddać się w ręce amerykańskich dyplomatów. Stamtąd został przewieziony do aresztu MTK w Hadze. Wcześniej Ntaganda liczył na pomoc swoich rwandyjskich protektorów, którzy poinformowali go, że nie mogą zagwarantować mu bezpieczeństwa i poradzili, by sam zgłosił się do ambasady USA, które nie będąc sygnatariuszem umowy założycielskiej MTK, nie mają obowiązku wydawać mu osób ściganych listami gończymi[2].

Latem 2013 r. siły ONZ wyparły rebeliantów z Gomy, a na przełomie października i listopada wspólne uderzenie rządowych i oenzetowskich oddziałów rozbiło Ruch 23 Marca. Dowódcy rebelii wezwali swych zwolenników do złożenia broni, a sami uciekli do sąsiedniej Ugandy. Trwające 20 miesięcy powstanie dobiegło końca. Dowódcy afrykańskich sił MONUSCO zapowiedzieli, że następnym celem będą Demokratyczne Siły Wyzwolenia Rwandy (FDLR). Na początku września 2015 r. rozpoczął się w Hadze proces Bosco Ntagandy. Byłemu rebeliantowi postawiono aż 18 zarzutów, w tym rekrutowanie dzieci. Nie przyznał się on do winy. Sam zakończył edukację w wieku 17 lat, gdy, jak podaje BBC News, wstąpił do RPF – wówczas militarnego ruchu Tutsich żyjących na południu Ugandy, dziś partii rządzącej Rwandą.

Względny spokój we wschodniej części DRK trwał do 2019 r., kiedy siły rządowe przystąpiły do działań antyrebelianckich, ale wcześniej też dochodziło do mordów.  W 2014 roku nieznani sprawcy zastrzelili dyrektora parku i zranili Emmanuela de Merode, znanego na całym świecie belgijskiego ekologa. W 2017 r. tylko w prowincji Ituri zginęło ponad 700 osób. W maju 2018 r. park został zamknięty na osiem miesięcy po zabiciu strażniczki parku i porwaniu dwóch brytyjskich turystów oraz ich kierowcy. 23 marca 2020 r. Virunga została tymczasowo zamknięta z powody koronawirusa. W dniu 24 kwietnia 2020 r. w Virundze, miał miejsce atak terrorystyczny, najbardziej krwawy w najnowszej historii rezerwatu, najstarszego w Afryce (powstał w 1925 r.). Uzbrojeni napastnicy urządzili zasadzkę na pracowników parku. Zginęło 17 osób, w tym 12 strażników i 5 osób cywilnych, natomiast 6 osób zostało rannych. Zginęło również wielu strażników. Przypisano go FDLR. W maju rebelianci zaatakowali wioskę Samboko, zabijając dziesiątki ludzi przy użyciu maczet. Do masakry przyznali się bojownicy Sojuszu Sił Demokratycznych na rzecz Wyzwolenia Kongo (Alliance des forces démocratiques pour la libération du Congo – AFDLC, powszechnie znanego pod skrótem AFD). Dzień wcześniej napadli na pobliską wioskę Makutano, gdzie zabili co najmniej 17 osób. Od 2019 r. do wiosny 2020 r. zginęło łącznie we wschodnim Kongo ponad 400 osób, a 200 tys. uciekło ze swych domów w prowincji Ituri. Sprawcami większości tych ataków byli członkowie AFD.

[1] Gacaca – stanowi tradycyjną formę rozwiązywania konfliktów. W języku kiniarwanda termin oznacza „siedząc na trawie”. Sądy Gacaca powstały w Rwandzie w marcu 2001 r. w celu odciążenia sadów powszechnych po ludobójstwie w Rwandzie w 1994 r. Osądzenie wszystkich winnych tragedii zajęłoby w normalnym trybie ponad 100 lat. Rwandyjczycy powrócili więc do starej tradycji Gacaca, która funkcjonowała w świadomości Rwandyjczyków jako nieformalne trybunały ludowe.

[2] Amerykańscy dyplomaci obawiali się, że wbrew woli „Terminatora” Rwanda nie pozwoli wywieźć go do Hagi, gdzie grozi mu dożywocie. Jego proces i składane zeznania mogłyby ujawnić tajemnice dokonywanych od kilkunastu lat zbrojnych inwazji na Kongo i grabieży kongijskich surowców.